第九四〇医院于1939年创建于革命圣地延安，前身为八路军军医院，1949年以前，先后称为白求恩国际和平医院、西北人民解放军卫生部第二野战医院、西北军区第一陆军医院。1949年以前，改称中国人民解放军西北军区总医院、兰州军区总医院、兰州军区兰州总医院。2004年6月，原解放军第473医院整体转隶并入，改编为473临床部。2016年9月，原兰州军区疾病预防控制中心和原兰州军区联勤部药品仪器检验所暂由医院代管。2018年4月，原兰州军区机关门诊部、甘肃省军区机关门诊部、临夏医疗所暂由医院领导管理。2018年11月，以原兰州军区兰州总医院为基础，纳入原兰州军区机关门诊部、甘肃省军区机关门诊部、原解放军第一医院临夏医疗所、原兰州军区联勤部通信站兰州总医院分站，调整组建联勤保障部队第九四○医院。以原解放军第二十五医院为基础，调整组建联勤保障部队第九四四医院，划归联勤保障部队第九四○医院领导管理。

在80年的发展历程中，第九四○医院秉承“厚德、和谐、敬业、创新”的院训，凝练出“爱党为民、救死扶伤、精益求精、务实创新”的医院精神。

革命战争年代，医院两次挺进山西，四渡黄河天险，在突破敌人封锁和随军转移中，五次遭敌机空袭。纵横驰骋在敌人缝隙之中，穿山越岭，迂回大山深沟之间。曾先后参加了榆林、宜瓦、扶眉、兰州等16次重大战役的战地救护工作，医护人员以坚韧不拔的毅力战胜一切困难，不畏艰难困苦，不怕流血牺牲，赴汤蹈火，抢救、转运和治疗伤病员，在血雨腥风中饱受了战争的煎熬，付出了巨大的代价，尤其是在1947年10月27日第二次攻打榆林战役中，医院在太平沟、岔湾村二所手术室突遭敌机轰炸，院长徐根柱、主治军医刘永利、司药徐生芳、护士长杜欣、护士浦俊才不幸牺牲，谱写了医护人员可歌可泣的战地救治史诗，为解放大西北和新中国的诞生创立了丰功伟绩，做出了突出贡献。

新中国成立后，在社会主义建设和改革开放时期，医院实现从野战医院到和平年代总医院的转变，逐步发展成为一所集医疗、教学、科研为一体的综合性三级甲等医院，曾派出医疗队参加过抗美援朝、甘南平叛、对越自卫还击战等医疗救治任务。在建国初期各项条件十分艰苦的情况下，我院医务人员克服困难，勇于创新，50年代医院护理领军人物黎秀芳创造性地提出“三级护理”的分级护理制度，继而提出“三查七对”及“对抄勾对”等“查对制度”、“护理计划”、“保护性医疗制度”，在全军全国推广并沿用至今；1965年成功完成全军第一例臂断离再植手术，1977年成功完成全军第一例肾移植手术，1987年，为左手掌完全断离缺血54小时和左手食指完全离断缺血59小时的患者进行断肢（指）再植手术获得成功。

进入新时代，医院全面建设步入了快车道，医院现拥有一个全国重点建设学科、一个国家中医药重点学科、一个全军骨科研究所和6个全军专科（专病）中心及12个军区专科中心。同时，达芬奇机器人、射波刀、PET/CT、3.0T核磁、320排640层CT等大型高精尖设备落地医院。

医院先后圆满完成定西空难救援，抗击非典，刚果（金）维和，汶川、玉树抗震救灾，舟曲特大泥石流，甘肃漳县岷县抗震救灾等非军事战争行动，参加了“和平天使-2014”中巴联合卫勤作业、“神舟系列飞船”发射卫勤保障、高原使命课题演练等重大演训任务。被中共中央国务院、中央军委表彰为“全国抗震救灾英雄集体”，野战医疗所被表彰为“战役后勤高原使命课题训练先进单位”。医院国家应急救援医疗队被中共中央、国务院、中央军委表彰为“全国抗震救灾英雄集体”，野战医疗所被表彰为“战役后勤高原使命课题训练先进单位”。先后涌现出“爱党为民模范护理专家”黎秀芳，“百年良医”、全军践行社会主义核心价值观争做新一代革命军人新闻人物葛宝丰，党的十九大代表、“全军爱军精武标兵”哈小琴、“全军优秀共产党员”贾正平等一批全国先进典型。